植物学实验中心始建于1952年，根据专业和课程的需要成立了植物学实验室，隶属于原内蒙古农牧学院畜牧系。1987年草原专业独立成系，植物学实验室归其所属，仅有2个教学实验室。1999年随着内蒙古农业大学的成立，由原内蒙古农牧学院和原内蒙古林学院两校的植物学、植物生理学、生态学实验室组建成立了内蒙古农业大学植物学实验教学中心。2002年本中心在原有实验室的基础上，新增2个教学实验室，创建了植物根系研究室和孢粉研究室，扩充、改建了植物标本室。本中心现有8个课程实验室、5个研究室、1个植物标本室和1个切片室。实行校、院二级管理模式；承担全校18个本科专业的植物学、植物分类学、树木学、植物生理学、生态学等课程的实验教学。实行蒙、汉双语授课，是全校植物学、植物分类学、植物生理学的实验教学载体，也是全校农业生产类各专业的实践教学基地。
