为规范管理、高效运行，学校和中心均制订了一系列有关仪器设备管理的规章制度。如《内蒙古农业大学仪器设备管理办法》、《内蒙古农业大学大型精密仪器设备考核办法》、《内蒙古农业大学低值易耗品管理制度》、《内蒙古农业大学固定资产管理办法》、《内蒙古农业大学教学仪器设备损坏、丢失赔偿制度》等。实验室仪器设备和材料、低值易耗品等物资的管理，均按照有关规章制度执行。
仪器设备购置后，必须办理固定资产登记手续方可报帐，统一进入学校固定资产管理系统。中心设立仪器设备管理档案并建立仪器设备管理系统，明确存放地点，责任到人。仪器设备的使用由实验中心统一调度，各实验室负责人专门管理，严格执行借、还登记验收手续；所有仪器设备必须做到帐目相符、帐卡相符、帐物相符；对仪器设备做到每日检查整理，发现问题及时解决；设定仪器维护管理量化指标，保证实验仪器设备完好率，使其随时保持良好的运行状态；大型贵重精密仪器设备指定专人管理，每台仪器附带技术档案、操作说明书、使用记录等；易耗品的管理建有专门的登记帐，有详细的使用消耗记录；对于淘汰、报废仪器设备严格按照学校规定办理。
学校设有负责仪器设备管理和维修的专业技术队伍，制订有完整的工作条例和管理制度，能够确保仪器设备在使用过程中得到及时的维护维修。在购买仪器设备时，学校均与厂商签订有保修和定期维修合同，大部分厂商都能履行合同，定期或不定期的对仪器设备进行维修或保养。
学校每年都有专项经费支持中心各实验室设备的维护维修。中心的设备费、设备维修费由中心提出年度采购和维修计划，经学校和学院专家组审核通过后列入学校的经费预算。维护维修经费保障分为日常维护维修经费和设备大修经费，日常维护维修经费由学校按定额拨付，由实验教学中心主任安排使用，设备大修经费由学校直接拨付，专款专用。目前仪器设备的完好率达到100%。
